Em meados do século XVIII chega a Portugal o fundador da ordem de Nossa Senhora da Lapa vindo do Brasil, o Padre Ângelo Sequeira. Construiu-se então uma primeira capela da Lapa ainda antes da ordem do Vaticano para a fundação da irmandade.
Após a ordem ter sido criada, já com aprovação papal, a actual igreja foi construída no estilo barroco e neoclássico. Foi também criado o cemitério da ordem da Lapa, o mais antigo do estilo romântico no país, o que vale sempre a pena visitar.
Neste podem encontrar-se nomes como Camilo Castelo Branco, importante escritor português, José Marques da Silva e Marques de Oliveira, arquitectos, e o mausoléu criado pela rainha Dª Maria II em nome do pai, D. Pedro IV o rei guerreiro do liberalismo, que doou o seu coração à cidade do Porto, ainda hoje guardado nesta mesma igreja.
Em 1995, a Igreja adquiriu o monumental Órgão de Tubos, o qual é actualmente usado para a realização de concertos promovidos pela igreja. Este órgão tem cerca de 32 toneladas, 15 metros de altura e 10,5 metros de largura.
